27-го ноября 1918 г. между военным министром Временного правительства Эстонии Константином Пятсом и представителями немецкой части населения Эстонии Г. Стакельбергом, Гарри Коком и Максом Боком, был согласован вопрос о создании военных формирований для защиты граждан немецкой национальности. Это стало юридическим основанием для создания по всей стране немецких отрядов. В этот период, например, полковник Константин Файсс сформировал конно-пулеметная команду, которая 1 декабря была включена в 5-й Эстонский полк; немецкие отряды самозащиты, созданные в Вильянди и Тарту, объединились в тартусский отряд “Хайматшутс” под командой капитана В. Цур-Мюлена, вошедший в состав 2-го пехотного полка.

​

     1 января 1919 г. балтийские немецкие отряды были объединены в Балтийский батальон под командованием полковника Константина Файсса, включенный в состав 1-й дивизии. Вскоре Балтийский батальон был переформирован в полк. В составе 1-й дивизии полк в течение всей войны за независимость действовал, в основном, на Нарвском фронте. Только в октябре 1919 г. вместе с частями Северо-западной армии генерала Юденича формирование участвовало в наступлении на Петроград.

​

     Когда после войны за независимость была начата демобилизация вооруженных сил, 25 сентября 1920 г. был расформирован и Балтийский полк. Незадолго до этого, 11 сентября 1920 г. его командир, полковник Константин Файсс был назначен заместителем командира 1-й пехотной дивизии.